Derin dondurucuda anne sütünü saklarken strelize edilmiş, kapağı iyi oturan ve dışı sert plastik veya cam kaplar kullanılmalıdır. Anne sütü kolay bulunan bir besin olmadığı için iyi bir şekilde muhafaza edilmelidir. Saklarken sütün derin dondurucuya konulduğu tarihin yazılması lazımdır çünkü anne sütü 6-9 ay arası derin dondurucuda saklanabilir. Ayrıca derin dondurucudan çıkan sütün tekrardan derin dondurucuya kaldırılması sakıncalıdır çünkü sütün besin değeri düşebilir.